可以注册，但是由于公司注册（法人登记）和商标注册是两个完全不同的法律程序，分别由不同机构管辖，日本公司注册后可以注册商标，且在日本注册商标是保护品牌权益、提升市场竞争力的关键步骤。

我们要知道，日本公司注册≠ 商标注册

公司注册：向法务局提交申请，完成法人登记（株式会社、合同会社等）。

商标注册：向特许厅（JPO） 提交申请，注册品牌标识（文字/图形等）。

为什么公司名称不能自动获得商标权：公司名称受《会社法》保护，仅在相同注册地（如东京都）内禁止重复商号；商标权受《商标法》保护，覆盖全日本且按商品/服务类别独占。

建议行动顺序：公司注册完成后 → 立即申请商标注册

        日本公司完全可以注册商标，流程与全球申请人一致，但需符合日本特许厅的形式与实质要求。建议提前进行商标检索，并根据自身情况选择自行申请或委托本地代理机构，以确保注册顺利。